Los datos ofrecidos por AENA (Aeropuertos Españoles y Navegación Aérea) al cierre de 2013 han vuelto a confirmar la pérdida de pasajeros que viene experimentando el aeropuerto de Noáin en los últimos años. Según AENA, el aeropuerto navarro concluyó 2013 con 155.939 viajeros, un 68,81% menos en relación a 2007, cuando alcanzó un volumen anual de 500.097 usuarios y rozó entonces el máximo de su capacidad.
En relación a 2012, el descenso global de pasajeros fue de un 18,1%. Tan sólo el mes de abril arrojó datos positivos con un 7,3% más. Un incremento de viajeros a Madrid y los vuelos directos a distintos destinos europeos en Semana Santa ayudaron a repuntar los datos. Pero ni los destinos estivales a Palma de Mallorca, Menorca y Tenerife, ni los chárter concertados para el puente foral de diciembre consiguieron mejorar los números finales al término del año. La competencia del tren y de otros aeropuertos de comunidades limítrofes, a lo que se suma el descenso del número de compañías que operan en Noáin, antojan complicado que la nueva terminal del aeropuerto, inaugurada a finales de noviembre de 2010, alcance los 1,1 millones de pasajeros al año para los que está preparada.
Vueling comenzó a operar en Noáin el 31 de marzo para unir la capital navarra con Barcelona. Sin embargo, a finales de septiembre, la compañía catalana de bajo coste canceló este servicio. En la actualidad, en Noáin sólo opera Iberia con vuelos a Madrid-Barajas.