El Día de Navarra fue creado por el Parlamento de Navarra el 27 de septiembre de 1985. Se le hizo coincidir con la festividad de San Francisco Javier, el día 3 de Diciembre, instituida como tal por la Diputación del Reyno de Navarra el 2 de agosto de 1622.
Desde 1985, por tanto, es el gobierno de Navarra quien organiza los actos pertinentes, destacando entre ellos, la entrega de la Medalla de oro de Navarra en acto institucional, los conciertos de música que se celebran a la misma hora por toda la geografía navarra y que comienzan con el himno de Navarra y hasta este año, y desde 1624, el acudir a misa solemne – desde 1974 en la Basílica del Castillo de Javier -.
Hay que destacar que como fiesta oficial, sólo dejo de celebrarse durante la II República.
En 2015, con el Gobierno de Barkos, constituido por los partidos minoritarios, Geroa Bai, Bildu, Podemos e I-E, se dejó de celebrar la Misa en el Castillo de Javier tal y como se ha venido haciendo desde su institución. Decisión mantenida por el Gobierno de Chivite (PSN, Bildu, Geroa Bai y Contigo (antiguo Podemos más I+E).
Breve historia de San Francisco Javier
San Francisco de Javier, Francisco de Jasso y Azpilicueta; (Castillo de Javier, Navarra, 1506 – Isla de Sancián, China, 1552), misionero español. Mientras estudiaba filosofía y teología en París conoció a Ignacio de Loyola, quien le reclutó para su proyecto de fundar una nueva orden: Francisco hizo sus primeros votos en París (1534), se ordenó sacerdote en Venecia (1537) y participó en la fundación de la Compañía de Jesús en Roma (1539).
Desde entonces se consagró a la actividad misionera: en 1541 fue enviado a la India como legado pontificio, con la misión de evangelizar las tierras situadas al este del cabo de Buena Esperanza, respondiendo a una petición de Juan III de Portugal. Instalado en 1542 en Goa (capital de la India portuguesa), desplegó una intensa actividad cuidando enfermos, visitando presos, predicando el cristianismo, convirtiendo nativos, negociando con las autoridades locales y defendiendo la justicia frente a los abusos de los colonos. Su apostolado se extendió por el sur de la India, Ceilán, Malaca, las Islas Molucas y Japón. Cuando se disponía a entrar en China para continuar su labor, murió de pulmonía a las puertas de Cantón. Fue canonizado en 1622 y declarado patrono de las misiones de la Iglesia católica. En 1657, el Papa Alejandro VII, le nombró copatrono de Navarra, junto con San Fermín